Un monde où les Pokémon vivent en harmonie, où l'être humain est absent. Un monde d'apparence paisible, rempli de mystères, mais aussi un monde déchiré par les catastrophes. C'est ainsi que les équipes d'exploration furent créées : afin de percer les mystères de ce monde, les plus courageux braveront les dangers des Donjons Mystères... ces lieux remplis de pièges, de pokémons ayant perdu la raison, mais aussi de fabuleux trésors.